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审查程序中申请人可能遇到的主要手续分两类：一类是法律规定或者专利局指定申请人应当办理的申请审批手续，无正当理由不办理或者逾期办理的，申请将被视为撤回。这些手续主要有：提出实质审查请求、答复专利局的各种通知书、缴纳申请维持费；另一类是申请人可以依据法律规定，视需要选择办理的请求手续。这一类手续如果不符合要求，专利局可作出手续视为未提出处理，一般不会涉及申请本身。这些手续主要有：对申请文件的主动修改和补正、要求提前公布请求、著录项目变更申报和延长期限请求。以下对这几种手续分别进行说明：
1.提出实质审查请求
只有发明专利申请需要办理这一手续。
实审请求可以在申请的同时提出，也可以在申请后提出，但最晚应当在自申请日起3年之内提出，无正当理由逾期未提出的或者因手续不合格被视为未提出的，申请将被视为撤回。
提出实审请求只有缴纳实质审查费后才生效。但是提出实审请求后，未缴纳实审费的，专利局并不马上发出实审求进行审查，如果不符合要求的，将视情况发出实审请求视为未提出通知或补正通知，并写明不合格原因。申请人收到补正通知的，应当在审查员规定的期限内补正。申请人收到实审请求视为未提出通知的，应当在自申请日起3年内重新提交符合要求的新的实审请求书。实审请求经审查合格的，专利局将在专利公报上予以公布。
申请人在提出实质审查请求的同时，庆发提交申请日以前（要求优先权的在优先权日以前）与其发明有关的参考资料，没有参考资料的应当声明。该发明专利已在外国提出过申请的，应当同时提交外国对其进行检索的资料或者结果的资料；无正当理由不提交的，申请将被视为撤回；有正发理由无法提交的，应当声明并说明理由，可以在得到该项资料后补交。提交上述资料的，应当在请求书（实审请求是在申请时提出的）或实质审查请求书的文件或附件栏目中写明理由。提出实审请求时申请人可以对发明进行一次主动修改或补正。
2.答复专利局的各种通知书
在初步审查或者实质审查程序中，审查员发现申请存在明显性缺陷、格式缺陷、或者实质性缺陷时，应用补正通知书或者审查意见书的形式，通知申请人在指定的时间内对申请进行补正、修改或者对审查员指定出的缺陷陈述意见。申请人对此必须答复，无正当理由不答复的，申请将被视为撤回。申请人答复时应当注意以下各点：
（1）遵守答复期限，逾期答复和不答复后果是一样的。除发明专利申请第一次初审查意见通知书的答复期限为4个月外，其它通知书的答复期限一般为2个月，但是特别简单的手续或者为了加快程序，审查员也可以只给1个月的答复期限。申请人应当注意审查员指定的期限，并按照通知书右上角专利局盖的发文日期章，推算出答复的最后日期。答复的最后日期=发文日期+15天+指定期限申请人计算期限是，应当注意实施细则第6条的有在规定。
申请人在期限内因故不能按期签复的，应当在期限届满前办理延长期限手续。
（2）针对审查意见通知书提出的问题，分类逐条答复。申请人漏答复某一方面或者某一条审查意见的，有可能被视为未按期答复，导致申请被视为撤回。答复可以表示同意审查员的意见，按照审查意见办理补正或者对申请进行修改；也可以不同意见审查员的意见，并对此进行申辩和陈述申请人的意见及理由。
属于格式或者手续方面的缺陷，一般可以通过补正消除缺陷；明显性缺陷一般难以通过补正或者修改消除，多数情况下只能就是否在和属于明显性缺陷进行申辩和陈述意见，例如：发明创造不属于专利保护的对象，发明创造违反国家法律妨害公共利益等；实质性缺陷公两类，有些可以通过修改消除缺陷，如权利要求撰写方面的缺陷、单一性方面的缺陷；有些却难以修改，如说明没有充分公布，新颖性、创造性、实用性方面的缺陷。
（3）对发明或者实用新型专利申请的补正或者修改均有得超出原说明书和权利要求书计载的范围，对外观设计专利申请的修改不得超出原图片或者照片表示的范围。否则，申请可能会驳回。
（4）答复应当按照规定的格式提交文件。如补正应当有补正书，修改或陈述意见应当有意见陈述书。个别文字的补正，可以只在补正书上填是；被正内容较多的，除在补正书上填明补正情况外，还应当提交替换页。例如，审查员在补正通知书中要求重新打印说明书第二页，申请人在补正时，应当提交补正书和重新打印清楚的说明书第二页。在补正书的“文件名称”栏目中填写“说明书”，在“页”栏目中填写“P，2”在“补正前”栏目中填写“不清楚”在“补正后”栏目中填写“重新打印 ”。
文件中个别字的增、删或修改也可以直接在意见陈述书中说明；修改内容较多时，除在意见陈述书中说明外，还应当提交替换页，替换页应当订在意见陈述书后面。
申请人使用补正书还是意见陈述书，应当根据审查员要求选用。一般补正形式问题或手续方面的问题使用补正书，修改申请的实质内容使用意见陈述书，申请人 同意审查员意见，进行申辩时使用意见陈述书。
3.缴纳申请维持费
这项手续只有发明专利申请需要办理。
发明专利申请自申请日起满二的尚未被批准的，从第三年度起申请人应当按年度每年缴纳申请维持费。第一次申请维持费应当在第三年度开始的第一个月内缴纳，以后各年度的申请维持应当在上一年度期满前一个月人预缴。
年度是以申请日为起点计算的。例如：某件申请的申请日为1988.5.12，则从1988.5.12为第一年度，从1989.5.12~1989.5.12 为第二年度，从1990.5.12~1991.5.12为第三年度，以此类推。若该申请到1990.5.12尚未被批准，则从第三年度起应当每年缴纳申请维持费。第一次缴纳申请维持费日期为1990.5.12~6.12的一个月内，以后各年度的申请维持费应当在每年的4.13~5.12的一个月内预缴。
申请人若未在规定时间内缴纳申请维持费的，专利法规定应当给予一个滞纳期，但是在滞纳期内缴费的，要加收25%的滞纳金。申请维持费滞纳期从法律规定的应当缴纳申请维持费之日起算为半年。超过了滞纳期尚未缴纳或缴纳不足的，该申请被视为撤回。为了防止申请人万一遗忘缴纳申请维持费而导致申请被视为撤回，专利法实施细则规定：对在应缴日期以后尚未缴费的申请人，专利局应当通知申请人缴纳申请维持费和滞纳金。这种书面的缴费通知一般在缴日期后2~3个月内发出。
申请维持费按照规定可以请求减缓。
4.请求提前公布
请求提前公布是申请人可以视情况选择的一项手续，它只适用于发明专利申请。
专利法规定：发明专利申请按正常程序应当在申请日以后满18个月才予以公布。公布以后申请人可以获得临时保护的权利，申请的内容将成为现有技术的一部分。申请人出于下列种种考虑，可以请求提前公布其申请。
（1）为了尽快将发明推向市场，寻找合适的买方，需要尽早公布发明内容。
（2）为了制止他人无偿利用其申请专利的发明，需要及早获得临时保护。
（3）在提出实审请求以前，获得一段尽可能长的时间来听取市场和公众的意见，以便定是否提出实审请求。
（4）通过请求提前公布其发明专利申请的内容，防止他人就类似发明获得专利。
申请人请求提前公布的应当提交“要求提前公布声明”一式两份，并写明要求提前公布的申请的申请号、发明名称和其他
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